Pendirian UIN Syarif Hidayatullah Jakarta berawal dari dibentuknya Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) sebagai akademi dinas Departemen Agama pada tanggal 1 Juni 1957. Pada awal berdirinya, ADIA menempati kampus Universitas Islam Jakarta (UIJ) di Jalan Madura dan tahun kedua di Jalan Limau Kampus UHAMKA sekarang. Pada tahun ketiga baru menempati kampus di Ciputat yang disebut Kultur Sentrum (KS); kampus UIN sekarang.

Dalam perkembangan selanjutnya, Tahun 1960 berdasarkan PP No II Tahun 1960 tanggal 24 Agustus 1960 ADIA bergabung dengan PTAIN (Perguruan Tinggi Agama Islam) yang berada di Yogyakarta menjadi IAIN al Jamiah al Hukumiyah. ADIA menjadi IAIN cabang Jakarta dengan dua fakultas.

IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta resmi menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan terbitnya Keputusan Presiden RI No. 031 Tanggal 20 Mei 2002. Keppres itu menjadi landasan legalitas formal perubahan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta.