Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang berdiri berdasarkan Surat Keputusan Presiden No. 50 tanggal 21 Juni 2004. Kampus ini sempat bernama Universitas Islam Indonesia-Sudan (UIIS) sebagai implementasi kerjasama antara pemerintah Indonesia dan Sudan dan diresmikan oleh Wakil Presiden RI, Dr. (Hc) H. Hamzah Haz pada 21 Juli 2002 yang juga dihadiri oleh para pejabat tinggi pemerintah Sudan.

Secara spesifik akademik, Universitas ini mengembangkan ilmu pengetahuan tidak saja bersumber dari metode-metode ilmiah melalui penalaran logis seperti observasi, eksperimentasi, survei, wawancara, dan sebagainya. Tetapi, juga dari al-Qur’an dan Hadits yang selanjutnya disebut paradigma integrasi. Oleh karena itu, posisi matakuliah studi keislaman: al-Qur’an, Hadits, dan Fiqih menjadi sangat sentral dalam kerangka integrasi keilmuan tersebut.