UIN Sunan Kalijaga merupakan lembaga pendidikan tinggi Islam di Indonesia yang terletak di Yogyakarta. Universitas ini dimulai dengan adanya Penegerian Fakultas Agama Universitas Islam Indonesia (UII) menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAIN) pada tahun 1951. Kemudian, terjadi peleburan PTAIN dan Asosiasi Dosen Ilmu-Ilmu Adab (ADIA) melalui PP No. 11 tahun 1960 tentang Pembentukan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) dengan nama Al Jami'ah Al Islamiyah Al Hukumiyah. Pada periode ini, PTAIN berada di bawah kepemimpinan KHR Moh Adnan dan Prof. Dr. H. Mukhtar Yahya.

Selanjutnya, pada tahun 1960 - 1972, IAIN Yogyakarta diberi nama IAIN Sunan Kalijaga berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 26 Tahun 1965 Tanggal 1 Juli 1965. Sejumlah gedung fakultas mulai di bangun, dan di tengah-tengahnya dibangun pula masjid yang kokoh. Kurikulum pendidikannya mengacu pada kurikulum Timur Tengah, yaitu Universitas Al-Azhar, Mesir.

Sekitar tahun 2001 - 2010, terjadi transformasi dari Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 50 Tahun 2004 Tanggal 21 Juni 2004. Perubahan nama ini juga diikuti dengan munculnya pilihan fakultas dan jurusan yang lebih banyak (umum).