Universitas Malikussaleh didirikan dengan mengambil nama besar Raja Kerajaan Samudera Pasai pertama, yaitu Sultan Malikussaleh, yang dilandasi dari sifat kepemimpinan, kepeloporan, kedinamisan, serta patriotisme beliau. Cikal bakal universitas ini bermula dari Akademi Ilmu Agama (AIA) Jurusan Syariah dengan Surat Keputusan Bupati/Kepala Daerah Tingkat II Aceh Utara No. 01/TH/1969 tanggal 12 Juni 1969.
Kemudian, melalui Akta Notaris No. 15 tanggal 17 Juli 1971, dibentuk Yayasan Perguruan Tinggi Islam (YPTI) sebagai badan yang bertanggung jawab terhadap pengembangan AIA. Tak berselang lama, di tahun yang sama, AIA diubah namanya menjadi Perguruan Tinggi Islam dengan Jurusan Akademi Syariah, Jurusan Akademi Ilmu Politik, Jurusan Akademi Tarbiyah, dan Jurusan Dayah Tinggi/Pesantren Luhur. Pada tanggal 24 Mei 1972, Perguruan Tinggi Islam ini mengalami perubahan nama menjadi Perguruan Tinggi Islam Malikussaleh (PERTIM). Tahun 1980, PERTIM berubah lagi namanya menjadi Yayasan Universitas Malikussaleh dengan singkatan UNIMA.
Seiring waktu, Universitas Malikussaleh berkembang cukup pesat. Hal ini dilihat dari didirikannya fakultas-fakultas baru. Namun, adanya konflik politik Aceh yang berkepanjangan, menimbulkan dampak yang serius terhadap sendi-sendi kehidupan masyarakat Aceh. Apabila kondisi ini dibiarkan berlarut-larut tanpa upaya penyelesaian yang konkret dan komprehensif, maka dapat menimbulkan ancaman terjadinya disintegrasi bangsa.
Untuk membangun kembali kepercayaan masyarakat Aceh kepada Pemerintah Pusat, diperlukan adanya usaha untuk melahirkan sebuah universitas negeri kedua setelah Universitas Syiah Kuala. Upaya ini merupakan bagian dari proses penyelesaian konflik Aceh yang menyeluruh, sebagai suatu kebijakan strategis politik. Mengingat wilayah Samudera Pasai terdiri dari Kabupaten Aceh Utara, Bireuen, Pidie, Aceh Timur, Aceh Tengah, dan Aceh Tenggara, yang sebahagian wilayahnya merupakan daerah pusat konflik paling bergolak.
Selanjutnya, Menteri Pendidikan Nasional dengan Surat Keputusan No. 216/P/2000 tanggal 16 November 2000, membentuk Tim Persiapan Perubahan Status Universitas Malikussaleh Lhokseumawe dari Perguruan Tinggi Swasta (PTS) menjadi Perguruan Tinggi Negeri (PTN). Puncak dari upaya yang maksimal untuk meningkatkan status Universitas Malikussaleh, terjadi ketika Presiden Megawati Soekarno Putri mengeluarkan Keputusan Presiden (Keppres) Nomor 95 Tahun 2001, tanggal 1 Agustus 2001 mengenai Penegerian Universitas Malikusssaleh.
Akhirnya, tertanggal pada hari Sabtu, 8 September 2001 di Lhokseumawe, Presiden Republik Indonesia Megawati Soekarnoputri meresmikan Pendirian Universitas Malikussaleh sebagai Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia bagi Masyarakat Aceh. Saat ini, Universitas Malikussaleh memiliki singkatan nama Unimal.