Provinsi Kalimantan Timur pada tahun 1960-an, masih menjadi daerah yang sedikit penduduknya, penyebarannya tidak merata, dan banyak daerah yang terisolir. Banyak putra daerah Kalimantan Timur yang ingin melanjutkan pendidikan tinggi, harus menuju Banjarmasin, Makassar, atau kota-kota di pulau Jawa. Oleh karena itulah, atas dasar keinginan masyarakat Kalimantan Timur, direncanakanlah pendirian perguruan tinggi di Samarinda.

Gubernur Abdoel Moeis Hassan, kemudian meminta Bupati Soebrata Yoeda Soebrata untuk mengadakan pertemuan dengan pemuka masyarakat di Samarinda. Dari hasil pertemuan tersebut, pada tanggal 7 Juni 1962, dibentuklah Perguruan Tinggi Mulawarman di Samarinda. Lalu, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan No. 130 Tahun 1962, ditetapkan sebagai tanggal kelahiran Universitas Mulawarman (UNMUL) pada tanggal 27 September 1962.

Universitas Mulawarman awalnya hanya memiliki 4 fakultas, yaitu Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan, Fakultas Pertanian, Fakultas Kehutanan, dan Fakultas Pertambangan. Kemudian, sejak tahun 2000, Universitas Mulawarman terus mengalami perkembangan dengan tambahan fakultas dan program studi baru. Tercatat sampai dengan tahun 2015, Universitas Mulawarman memiliki 12 fakultas dengan 81 program studi.