Sejarah perkembangan Universitas Papua dimulai dari Universitas Cenderawasih (UNCEN) yang didirikan pada tanggal 10 November 1962. Saat itu, UNCEN terdiri dari empat fakultas, yaitu Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Hukum, Ketatanegaraan dan Ketataniagaan, Fakultas Pertanian, dan Fakultas Peternakan. Kemudian, Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan digabung menjadi Fakultas Pertanian, Peternakan, dan Kehutanan (FPPK UNCEN), berdasarkan Keputusan Menteri PTIP Nomor 77/PTIP/1964, tanggal 17 Juli 1964. Selanjutnya, berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 74 Tahun 1982, tanggal 7 September 1982, FPPK UNCEN berubah nama menjadi FAPERTA UNCEN.

Pada tahun 1999, FAPERTA UNCEN mulai menyelenggarakan program pendidikan profesional, dengan dimulainya Program Studi Diploma 3 Perkebunan, kemudian Program Studi Diploma 3 Kehutanan dan Diploma 3 Kesehatan Hewan pada tahun 2002. Persiapan menuju perguruan tinggi mandiri, dilakukan dengan penyusunan beberapa dokumen, antara lain Rencana Pengembangan FAPERTA UNCEN 1991-2004, Master Plan FAPERTA UNCEN 1993-2002 dan Master Plan Universitas Papua 2003-2010, Rencana Strategis FAPERTA UNCEN Tahun 1996-2004 dan dokumen pendirian Universitas Papua (1999-2000), serta naskah akademik Universitas Papua tahun 2000.

Akhirnya, Universitas Negeri Papua (UNIPA) ditetapkan dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia tanggal 3 Nopember 2000. Peresmiannya, dilakukan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi atas nama Menteri Pendidikan Nasional pada tanggal 28 Juli 2001. Pada tahun 2014, Senat UNIPA menetapkan perubahan nama Universitas Negeri Papua menjadi Universitas Papua berdasarkan Peraturan Presiden (PERPRES) Republik Indonesia Nomor 155 Tahun 2014. Saat ini, Universitas Papua memiliki 3 Kampus Unggulan di Provinsi Papua Barat.